Apresentação:

O LMDM, inicialmente estruturado em 2001, tem atuado fortemente na aplicação de métodos computacionais na investigação de uma vasta gama de problemas biológicos. Historicamente, utilizamos métodos de modelagem molecular, sobretudo de proteínas, seguidos de simulações por Dinâmica Molecular (sob regime clássico e/ou quântico) para estudar e caracterizar diferentes sistemas e fenômenos de interesse biológico incluindo: inibição enzimática, biomembranas e enovelamento de proteínas. Investigamos alvos terapêuticos para tratamento de HIV, DENV, ZIKV, Y. pestis, T. cruzi, P. falciparum e câncer, entre outros. Desenvolvemos métodos automatizados para prospecção de alvos biológicos e seus potenciais moduladores, o que envolve o emprego de abordagens em larga-escala, tais como: modelagem de proteomas completos, análise de redes metabólicas, triagem virtual e análise de dados assistida por inteligência artificial.

Linhas de Pesquisa:

• Desenho de fármacos assistido por computador;
• Modelagem, simulação e análise estrutural e dinâmica de biomoléculas;
• Predição da estrutura de proteínas e complexos moleculares;
• Emprego de inteligência artificial em bioinformática e biologia computacional;
• Aplicação de métodos quânticos para análises de estrutura eletrônica em biomacromoléculas.

Principais técnicas/metodologias utilizadas:

• Modelagem Comparativa de complexos proteicos;
• Simulações por Dinâmica Molecular;
• Cálculos estruturais por Mecânica Clássica, Estatística e Quântica;
• Cálculos de Energia Livre de interação molecular;
• Análises de drogabilidade;
• Docagem Molecular e Triagem Virtual;
• Métodos de aprendizagem de Máquina.

Modelo/Organismo de estudo:

As técnicas in silico são aplicadas em estudos envolvendo macromoléculas de diferentes organismos. Publicações anteriores envolveram: HIV, ZIKV, YFV, M. abscessus, Y. pestis, T. cruzi, P. falciparum, P. vivax, L. dovani, F. hepática, antibióticos, anestésicos, doença de Alzheimer, prion, cancer, biossensores entre outros.