O programa de Saúde Ambiental tem como foco principal o estudo do trânsito ambiental de poluentes orgânicos e inorgânicos e toxinas naturais de interesse toxicológico e ambiental, cujo destino final são os organismos vivos, incluindo o homem. Tem destaque os elementos traço, incluindo diversos metais, os poluentes orgânicos persistentes (POPs), diversos agrotóxicos e as toxinas das cianobactérias. Essas substâncias tóxicas, muitas com elevado grau de persistência, têm sido alvo de nossas pesquisas, que tiveram origem nos anos 1950, com o estudo dos radionuclídeos de origem natural em áreas de elevada radioatividade do nosso país. A trajetória iniciada pelo prof. Penna Franca, hoje agrega grupos com inserção internacional, regional e local, tendo destaque para os estudos Amazônicos, dos ambientes aquáticos continentais enquanto mananciais de água potável para o abastecimento das populações, os ambientes marinhos e costeiros, com ênfase em mamíferos aquáticos e peixes. O grupo, que conta hoje com apenas seis docentes ativos, vem sendo reconhecido ao longo das últimas 3 décadas, como um centro de excelência por sua produção acadêmica de primeira linha, e que faz do ensino, da pesquisa e da extensão a sua pedra de toque.